Secara umum, Trans Jogja beroperasi dengan melalui rute-rute jalan utama di Jogjakarta,
dan rute-rute yang dilalui berada di dalam kota Jogjakarta. Untuk lebih mempermudah penumpang dalam menghafalkan jalur, setiap 2 (dua) jalur akan melewati rute yang sama, dengan arah yang berlawanan. Misalnya: Jalur 1A akan melewati jalur yang kurang lebih sama dengan jalur 1B, hanya dalam perbedaan arah.
Jalur yang dilewati tidak selalu sama, ini dikarenakan kondisi jalan yang berbeda. Misalnya karena ada beberapa ruas jalan yang hanya satu arah. Kondisi lain yang perlu diketahui adalah bahwa tidak semua halte berada selalu berseberangan, walaupun rata-rata berada tidak jauh satu sama lain.
Sampai dengan saat ini, ada 8 (delapan) jalur Trans Jogja yang beoperasi yaitu:
Jalur 4A dan 4B beroperasi sejak bulan Oktober 2010, sebagai respon atas perlunya penambahan jalur/rute Trans Jogja.
